Алгоритмы в биоинформатике
Осень 2016, посмотреть все семестры

В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательстей в больших текстах.

Предварительная программа:

  • Введение в молекулярную биологию: история исследования ДНК и белковых структур.
  • Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание.
  • Статистика выравниваний, мера сходства последовательностей.
  • Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
  • Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
  • Скрытые марковские модели в биоинформатике.
  • Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
  • Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации и построения филогенетических деревьев.
  • Алгоритмы поиска структур РНК.
  • Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
  • Чтение и сборка геномов.
  • Рентгеноструктурный анализ.
  • Молекулярная механика и докинг.
Дата и время Название Место Материалы
15 сентября
18:30–19:50
Введение, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками Нет
22 сентября
20:00–21:20
Выравнивание последовательностей, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
29 сентября
18:30–19:50
Выравнивание последовательностей. Продолжение, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
13 октября
18:30–19:50
Поиск в банках. Поиск подстроки, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
27 октября
18:30–19:50
Филогенетические деревья, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
03 ноября
18:30–19:50
Множественные выравнивания и профили, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
24 ноября
18:30–21:00
Скрытые Марковские Модели, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
01 декабря
18:30–19:50
Расшифровка структуры РНК, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайды
08 декабря
18:30–19:50
Консультация, лекция Таймс, ауд. с чёрными досками слайдыфайлы