Алгоритмы в биоинформатике
Санкт-Петербург / осень 2015, посмотреть все семестры

В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательстей в больших текстах.

Предварительная программа:

  • Введение в молекулярную биологию: история исследования ДНК и белковых структур.
  • Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание.
  • Статистика выравниваний, мера сходства последовательностей.
  • Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
  • Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
  • Скрытые марковские модели в биоинформатике.
  • Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
  • Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации и построения филогенетических деревьев.
  • Алгоритмы поиска структур РНК.
  • Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
  • Чтение и сборка геномов.
  • Рентгеноструктурный анализ.
  • Молекулярная механика и докинг.
Дата и время Название Место Материалы
09 сентября
20:00–21:20
История исследования белков, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
16 сентября
20:00–21:20
История исследования ДНК, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
23 сентября
20:00–21:20
Выравнивание последовательностей, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
30 сентября
20:00–21:20
Выравнивание последовательностей II, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
07 октября
20:00–21:20
Поиск подстрок, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
14 октября
20:00–21:20
Скрытые Марковские Модели, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
04 ноября
20:00–21:20
Филогенетические деревья, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
11 ноября
20:00–21:20
Выравнивание РНК, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
18 ноября
20:00–21:20
Множественные выравнивания и профили, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
25 ноября
20:00–21:20
Поиск подстрок II, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
02 декабря
20:00–21:20
Билеты к экзамену, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды
09 декабря
18:30–22:00
Консультация, лекция Таймс, ауд. с белыми досками слайды