Семинар 3. Выравнивание

Задача 1 (3 балла)

Реализовать алгоритм Нидлмана-Вунша для нуклеотидных последовательностей. Написать программу, построить выравнивания для пар последовательностей, полагая +2 за совпадение оснований, -1 за несовпадение, линейный штраф d=2.

Задача 2 (4 балла)

Реализовать алгоритм Нидлмана-Вунша для аминокислотных последовательностей. Написать программу, реализовав как минимум две разных весовых матрицы, построить выравнивания для асинокислотных последовательностей, сравнить результаты, полученные с помощью разных матриц.

Задача 3 (3 балла)

Алгоритм Смита-Уотермана. Написать программу, построить выравнивания аминокислотных последовательностей, сравнить результаты, полученные с помощью разных матриц.