Алгоритмы в биоинформатике
Санкт-Петербург, осень 2016
Описание
В курсе будут даны базовые определения из биоинформатики и молекулярной биологии, которые понадобятся для понимания дальнейшего материала. Будет дан широкий обзор разделов биоинформатики с упором на методы чтения генома, а также на алгоритмы сравнения строк и алгоритмы неточного поиска подпоследовательстей в больших текстах.
Предварительная программа:
- Введение в молекулярную биологию: история исследования ДНК и белковых структур.
- Расстояния между последовательностями, эффективные алгоритмы попарного выравнивания, множественное выравнивание.
- Статистика выравниваний, мера сходства последовательностей.
- Алгоритмы поиска подстроки в тексте, суффиксное дерево и массив, построение сжатых индексов по геному, BWT.
- Поиск подстроки с ошибками, эвристические подходы, BLAST.
- Скрытые марковские модели в биоинформатике.
- Гены. Алгоритмы предсказывания генов, статистические подходы и подходы, основанные на сходстве.
- Молекулярная эволюция, алгоритмы кластеризации и построения филогенетических деревьев.
- Алгоритмы поиска структур РНК.
- Вычислительная масс-спектрометрия, восстановление белков по спектру.
- Чтение и сборка геномов.
- Рентгеноструктурный анализ.
- Молекулярная механика и докинг.